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東京卍會（東卍）と芭流覇羅（バルハラ）による抗争「血のハロウィン」の終結後、現代に戻った花垣武道（タケミチ）は東卍の最高幹部になっていたが、裏切り者として総長代理の稀咲鉄太に捕らえられてしまった。稀咲の凶弾によって、千冬が目の前で殺されてしまい、その銃口はタケミチへと向けられた。

橘直人（ナオト）と再会し、現代が最悪の世界になったことを知ったタケミチは、佐野 万次郎（マイキー）を変えた元黒龍（ブラックドラゴン）組と稀咲を東卍から追い出し、橘日向（ヒナタ）たちを救うため過去へタイムリープ。直後に、東卍弐番隊副隊長の柴八戒と出会う。現代では、元黒龍総長で金のために先代総長を殺したと噂のあった八戒だが、12年前では気さくにタケミチに話しかけるなど、まったくの別人だった。

知り合ったばかりの八戒の家に遊びに来たタケミチとヒナタは、周辺を縄張りにしている黒龍の九井一（ココ）や乾青宗（イヌピー）らに遭遇。八戒は黒龍からタケミチたちを守るが、八戒の兄で十代目黒龍総長の柴大寿の姿が。タケミチを一撃で蹴り倒した大寿は、八戒に「コイツ殴り殺せ」と命令する。動けない八戒の前で、タケミチを殴り続ける大寿。そのとき、ヒナタが大寿の前に立ち塞がる。

タケミチを助ける代わりに、東卍をやめて黒龍に入ることを大寿と約束した八戒。しかし、幼い頃から八戒のことを知っている弐番隊隊長の三ツ谷隆は、副隊長の八戒がやめることを認めず、大寿に会いに行くという。八戒が黒龍に入ることは、東卍が巨悪になる最悪の未来へと繋がると知っているタケミチは、相棒の千冬と一緒に三ツ谷に同行したが……。

八戒から「オレは、大寿を殺す」という決意を聞いたタケミチと千冬。八戒を止めたい二人は、黒龍を潰すために八戒を止めたいと語る稀咲と半間に連れられて、黒龍のメンバーに接触。大寿の情報を入手し、八戒が大寿を襲うのは、クリスマスの夜だと確信する。稀咲は、タケミチたちに手を組んで八戒を止めようと提案するが、タケミチは返答に迷う。

雪が降りしきるクリスマスイブの夜、タケミチは、大好きなヒナタを守るため自分から別れを告げた。そして、大寿が一人で教会を訪れるクリスマス。大寿の命を狙う八戒を止めるため、タケミチ、千冬、稀咲、半間の4人は教会へ。千冬たち3人が教会の外で大寿を足止めしている間に、タケミチがすでに中にいるはずの八戒を説得するという計画を実行する。

タケミチと八戒の目の前で、柚葉に刺された大寿。しかし、無防備な背中に刃が刺さる直前、柚葉に気づいたタケミチが叫び声を上げたことで大寿は瞬時に反応。致命傷は免れ、逆に柚葉を殺そうとする。元の歴史で大寿を殺したのは柚葉で、最悪の世界を回避するキーマンは柚葉だと気づいたタケミチは、大寿から柚葉を守ろうと決意するが、柚葉はもう一度、大寿を刺そうと短刀を構える。

千冬からの連絡を受けて駆けつけた三ツ谷も大寿の強さに押され気味になり、黒龍のココとイヌピーが合流。絶望的な状況で、八戒は再び短刀を手にするが、タケミチに止められる。そして、タケミチは、「オレが勝ったら、黒龍をもらう!!」と宣言し、大寿との圧倒的な力の差にひるまず立ち向かい続ける。

幼い頃から心身に染みついていた大寿に対する恐怖を克服し、タケミチとともに兄に立ち向かう八戒。しかし、大寿との力の差は大きく、教会の周りも100人の黒龍メンバーに囲まれていた。圧倒的に不利な状況の中、現れたマイキーはどこか様子がおかしく……。

大寿はマイキーの強烈な一蹴りで昏倒し、100人余りいた黒龍のメンバーはドラケンが一人で制圧。黒龍は再び東卍によって壊滅させられた。安堵したタケミチは意識を失うが、目が覚めるとマイキーのバブに乗せられており、ヒナの家に連れていかれる。

新たな年を迎えて最初の東京卍會全体集会が開かれた。ドラケンは、メンバーの前で黒龍との戦いに勝利したことを報告。八戒は、自分のついた嘘が原因で東卍を黒龍との抗争に巻き込んだことを謝罪したが、誰も責めることなく弐番隊副隊長を引き続き務めることになった。さらに、タケミチが隊長を務める壱番隊には、意外な新メンバーが加わることに。そして、最後にマイキーから驚くべきことが告げられた。

黒龍を潰して、稀咲を東卍から追い出すことにも成功。未来を変えたと確信して現代に戻ったタケミチ。ところが、戻った先は三ツ谷の葬儀の会場。東卍幹部の三ツ谷は何者かに殺されてしまったのだ。衝撃の事実に混乱しながら自宅のボロアパートに戻ると、タケミチが現代に戻ってきたことを察したナオトが尋ねてくる。そして、ナオトが語った現代の状況は、タケミチが見てきた中でも最悪の世界だった。

ドラケンら東卍の元幹部を次々に殺害したマイキーは、タケミチの目の前でナオトに射殺された。死の間際のマイキーに自分がタイムリーパーだと告白し、最悪の世界を回避すると誓ったタケミチは、2006年にタイムリープ。しかし、みんなを救うための方法が分からず、自分が強くなるしかないと公園で吊されたタイヤを殴り続けていた。帰ってきた相棒を見つけて事情を聞いた千冬は、「オレ、何すればいいかわかった気がする」と語りはじめる。