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初デートから戻ったペニーは、レナードに関係を急ぎたくないと告げた。ペニーは頭脳明晰なレナードに引け目を感じており、シェルドンに「コミュニティ・カレッジを卒業したとレナードにうそをついた」と打ち明ける。

レナードとペニーは交際を解消した。ペニーには早速別の相手ができ、それを見たレナードも遠慮なく相手を探せると強がる。そんな時、レナードの同僚・レズリーが、よりを戻そうと彼に持ちかけた。

仕事も恋愛もパッとせず、泣き出したペニーを見かねたシェルドンは、オンラインゲームを勧める。これにペニーはすっかりはまってしまい、夜中もシェルドンを起こして質問し、勤務先の大学にまで電話をするのだった。

ゲスト：
「プリーチャー」マーク・ハレリク

ラージが惑星体を発見した功績を認められ、ピープル・マガジンに掲載されることになった。シェルドンはいつものように他人の成功を評価せず、レナードとハワードもラージが鼻持ちならないので気分を害する。

ゲスト：
「ハーパーボーイズ」チャーリー・シーン

レナードが徹夜で実験を始めたため、シェルドンは職場へ送ってもらえなくなり、ペニーにお願いして送ってもらう。ペニーはエンジン点検ライトが点灯していても無頓着で、減速バンプでもスピードを落とさないのだ。

大学が新入院生を迎える秋、レナードとシェルドンはそれぞれの専門を学生たちに紹介することになる。するとシェルドンに感銘した女子院生・ラモーナが現れ、彼女はシェルドンの部屋にまでやってきた。

リビングでみんな揃ってこれから食事という時、ペニーはシェルドンの食事に手を伸ばし、部屋から追い出されてしまう。レナードはシェルドンに謝るようペニーをなだめるが、怒ったペニーは宣戦を布告する。

ハワードはバーで引っかけたステファニーに「火星の探査機を運転させてあげる」と誘い、火星無人探査機制御室に連れ込んだ。しかし遠隔操作に失敗して探査機を火星の溝に落としてしまい、レナードたちを呼び出す。

ゲスト：
「Less than Perfect」サラ・ルー

レナードが付き合い始めたステファニーを気に入ったシェルドンは、何とか2人の付き合いを持続させようと画策。レナードがヘマをしないか見守るため2人のデートに帯同したり、ペニーやハワードに相談をする。

ゲスト：
「Less than Perfect」サラ・ルー

レナードとステファニーは急速に仲を深め、半同棲の状態にあった。部屋に入り浸りのステファニーを見たシェルドンはレナードに、同棲に関して取り決めておいた付帯条項の確認を求めるのだが…。

ゲスト：
「Less than Perfect」サラ・ルー

クリスマスシーズン。レナードはイケメンで優秀な物理学者・デビッドと組んで実験を進めることになるが、彼のバイクに乗ろうとしてバイクの下敷きになり足を痛めた。一方、ペニーとデビッドが意気投合してしまう。

ゲスト：
マイケル・トルッコ「バトルスター・ギャラクティカ」

シェルドンたちはロボット・ファイティング・リーグに備えてロボットを作っていた。そんななか、相変わらず卑猥なトークで迫ってくるハワードに堪忍袋の緒を切らしたペニーは、彼にきつい言葉を浴びせてしまう。

シェルドンはグリッドコンピューターを使うため、使用を管理している同僚・クリプキと友達になろうとするがうまくいかない。そこでシェルドンは子供の絵本から一連のプロセスを導き出し、クリプキに電話をかける。

ペニーは家賃を滞納していた。給料も減り、車の修理代で金欠だと言うので、シェルドンはへそくりからお金を貸す。レナードは、実はペニーが元彼・カートの罰金を肩代わりしたために金欠に陥っていると知っていた。

レナードのもとへ母親のビバリーが様子を見にやってきた。神経科学が専門で精神科医のビバリーは人の心の奥にずけずけと入り込み、歯に衣着せぬ分析で出会ったばかりのペニーを早速泣かせてしまう。

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「マンマ・ミーア！」クリスティン・バランスキー

ペイントボールに熱中するレナードたち。作戦会議を欠席したために、敵に包囲された納屋に取り残されたハワードは、駆け込んできたレズリーに誘惑され関係を持ってしまう。

レナードたちはシンポジウムのため、サンフランシスコへ。シェルドンの独断で交通手段が列車になり不満の３人だったが、ターミネーターのキャメロン役サマー・グローが乗車してきて色めき立つ。

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「ターミネーター：サラ・コナー クロニクルズ」サマー・グロー

ヘアクリップ作りの新ビジネスを始めたペニーは、シェルドンやレナードたちも仲間に引き入れ、販売と流通の道も開拓。レナードがネット通販のウェブサイトを作り、さっそく注文が入るのだが…。

レナードたちの上の部屋に、アリシアというスレンダー美女が引っ越してくることに。レナードは初対面でメロメロになり、ハワードとラージも引っ越しの整理を甲斐甲斐しく手伝う。

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「Sullivan & Son」バレリー・アズリン

レナードたちは、日々のマンネリから脱するために、毎月第３木曜を「何でもありの木曜日」とし、いつもと違う行動をすることに。バーでナンパしようと意気込むが、結局、定番のコミックストアへ。

ゲスト：
「アグリー・ベティ」ケビン・サスマン

ハワードを慰めるため、レナードたちはラスベガスに行くことに。興味のないシェルドンは居残りを選択。自由を謳歌しようとするが、買い物から帰宅すると、鍵を室内に置き忘れたことに気づく。

ペニーとコミックストアのオーナー、スチュアートは２回目のデートをすることに。レナードは内心面白くないが、それぞれから相談を受け、２人の仲がうまくいかないようなアドバイスをする。

ゲスト：
「アグリー・ベティ」ケビン・サスマン

シェルドンが提出した助成金申請書が認められ、研究のため３ヵ月北極探検に参加することに。シェルドンは３人に同行を提案するが、ペニーはレナードから何も報告がなかったことが内心面白くない。