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1924年、西欧の小国・ソヴュール王国の聖マルグリット学園には貴族の子弟たちが通っていた。そんな学園に東洋の島国からの留学生・久城一弥が入学してきた。そして一弥はある美しい少女と出会う。

一弥とヴィクトリカは、占い師・ロクサーヌ宛の招待状を持って、船上パーティー・箱庭の夕べに参加。ディナーを楽しんでいた2人だが、いつの間にか眠ってしまう。そして目覚めると、ある変化に気付く。

ヴィクトリカたちは、自分たちの乗っている船が、10年前のQueenBerry号事件を再現したものだと気付く。みな疑心暗鬼になっていて、いつ殺されるか分からない中、突然イギリス人の俳優・ネッドが倒れる。

ある朝、一弥が道を歩いていると、一台のバイクが通り過ぎた。だがその瞬間、運転手の首が宙に舞う。それを目撃した一弥は殺人の疑いを掛けられてしまった。一方、学園にはイギリス留学生・アブリルがやってくる。

ミイラが発見された時、一弥はアブリルがそこにあった紫の本を手に取っていたことが気になっていた。そしてヴィクトリカに相談すると、本は簡単に見つかる。一方、村ではある噂が立っていて…。

怪談好きのアブリルは、人間の言葉を操る灰色狼の噂を一弥に話す。そんな中、2人が訪れていたのみの市で、ドレスデン皿の盗難事件を目撃。するとヴィクトリカはすぐにその事件の謎を解いてみせるのいだった。

一弥とヴィクトリカは灰色狼の村にたどり着く。村の人々はコルデリア・ギャロというメイドが、前の村長・シオドアを殺した事件を2人に話す。ヴィクトリカは、コルデリアの無実を晴らそうと奔走するのだが…。

夏至祭の最中、村にやってきたよそ者2人が殺害される事件が発生。その死の謎を解くヴィクトリカだが、村長は「ここはソヴュールではない」と、犯人を裁くことを許可しない。さらに、ヴィクトリカは…。

故郷の姉からお使いを頼まれ、一弥は首都のデパートに向かう。買い物リストには、行方不明になっている王室のブルーダイヤモンド「青い薔薇」を模した品物もあった。一方、ヴィクトリカは風邪をひいていて…。

一弥はジャンタンの地下で、マネキンにまぎれて本物の少女がいるのを見つける。そこで一弥は何か事件が起きていると考え、警察に相談を持ち掛ける。しかし、事件が起きている証拠は見つからず…。

学園に、先日ブロワと親しそうにしていた警視総監夫人のジャクリーヌがやってきた。一弥は案内役を任される。そしてヴィクトリカに出会ったジャクリーヌは、数年前に殺人事件の容疑者にされたことを告白する。

夏休み、生徒たちが避暑に出掛ける中、ヴィクトリカは独り退屈そうに過ごしていた。一方、一弥はアブリルからの誘いを断り、日本から届いた荷物を持って、暇を持て余すヴィクトリカの元を訪ねる。

アブリルは一弥のことが気になり、早めに学園に戻ってきた。映画を観た2人は、シーン登場した時計塔と似ている物が学園にあることに気付く。時計塔の中には、錬金術師・リヴァイアサンの工房があり…。

時計台で殺人事件が発生。そしてヴィクトリカは、リヴァイアサンの本に書かれた謎を調べるために図書館塔の外に出ると、初対面にもかかわらずアヴリルとケンカしてしまう。さらにヴィクトリカに謎の男が迫り…。

かつて王妃の寵愛を受けたリヴァイアサンの錬金術だが、マスグレーブ男爵の策略により、国王の目の前で全否定される。そしてリヴァイアサンは怒りのあまり、罪のない少年を殺してしまうのだった。

ヴィクトリカが姿を消した。ブロワ侯爵により、ベルゼブブの頭蓋と呼ばれる人里離れた修道院に連れていかれてしまったのだ。一弥は心配のあまり、迎えに行くことにし、列車の中で同じ修道院に向かう人々と出会う。

一弥はヴィクトリカから、ブロワ侯爵の目的がコルデリアをおびき寄せることであると聞かされる。折しもファンタスマゴリアではさまざまな奇跡が行われていたが、ヴィクトリカはそのトリックを難なく見破るのだった。

ベルゼブブの頭蓋から逃げ出す人々を乗せた列車の中で、一弥とヴィクトリカは孤児、かかし、木こり、騎士と名乗る者たちと乗り合わせる。彼らはオカルト省と科学アカデミーの手先の人間たちだった。

一弥はソヴュールに来て初めて降った雪にはしゃぎつつ、ヴィクトリカに贈るプレゼントを買うため、ソヴレムに向かう。その地では、「ソヴレムの青い薔薇」という舞台が上演されようとしていた。

劇場・ファントムで上演される「ソヴレムの青い薔薇」は、悲劇の王妃、ココ・ローズを描いたものだった。その王妃殺害事件の真相を解くため、ヴィクトリカがブロワ侯爵によって劇場に連れてこられる。

一弥に助け出されたヴィクトリカは、王妃殺しの真相を突き止めよう奔走。そして、かつて踊り子だった女性の墓を暴き、そこに眠っていたある重大な混沌の欠片を得たヴィクトリカは、ある物語を語り始める。

仮装クリスマスパーティーが行われている学園で、一弥はセシルが取り出したピンクのドレスとウサギの着ぐるみを着せられようとしていた。そしてヴィクトリカと一弥は笑顔でパーティーに向かおうとするのだが…。

ヴィクトリカがオカルト省の地下にとらわれてた。そしてヨーロッパには2度目の世界大戦の嵐が吹き荒れている。ブロワ男爵は戦争を望んでいて、ヴィクトリカを利用して、国王や民衆を操り動かしていた。

ロスコーとヴィクトリカは、ブロワ侯爵の追っ手から逃げ続けていた。そしてロスコーは、そのヴィクトリカの姿にコルデリアを重ねるのだった。一方、一弥は戦場の前線で戦いつつ、ヴィクトリカを思い続けていた。